La SHN41 réalise des prospections mycologiques tout au long de l’année dans les différentes régions du département.
Les forêts domaniales du département sont régulièrement prospectées à l’occasion d’excursions publiques organisées tous les dimanches après-midi de septembre à décembre, en forêt de Blois, Russy, Boulogne, Lamotte-Beuvron, Montrichard, Vendôme ou Marchenoir.
La SHN41 intervient également dans des sites protégés pour mener des inventaires mycologiques. La réserve naturelle des vallées de Grand-Pierre et Vitain, le domaine national de Chambord, plusieurs sites du Conservatoire d’espaces naturels de Loir-et-Cher et de Centre Val-de-Loire ont fait ou font l’objet de suivis réguliers.
Enfin, le groupe mycologie organise chaque automne l’exposition « Nature et champignons » de la SHN41. Les mycologues participent également aux expositions mycologiques organisées par d’autres associations naturalistes en Loir-et-Cher (Sologne Nature Environnement, Perche Nature) ou dans les départements limitrophes (Loiret Nature Environnement).